Hay áreas que aportan y otras que retiran de la cuenca grandes cantidades de nutrientes al año. Las primeras son las denominadas áreas fuente y las segundas se conocen como áreas sumidero. Entre las áreas fuente, la cuenca que drena el valle de Lecrín (Ízbor 1) es sin duda la que mayor cantidad de nutrientes aporta. La existencia en ella de un gran número de núcleos urbanos (incluyendo Padul y Dúrcal) y de cultivos que demandan grandes cantidades de nutrientes, unido a su gran superficie de drenaje, son las principales causas de esta tasa de exportación (153 TmN/año de nitrógeno total y 15,3 TmP/año de fósforo total). El efecto depurador obtenido en las subcuencas Guadalfeo 5 e Ízbor 2, se realiza íntegramente en los embalses de Rules y Béznar, depurando más de 120 TmN/año de nitrógeno total y 14 TmP/año de fósforo total. Merece ser destacado, en primer lugar, el papel tan determinante que tienen ambas presas en el transporte de nutrientes desde la cuenca al mar. Sin ellas, la cuenca exportaría un 30% más de nitrógeno y un 75% más de fósforo. El dique del Granadino, localizado tras la confluencia de los ríos Trevélez y Poqueira con el río Guadalfeo, es el responsable de que la subcuenca Guadalfeo 3, tenga un pequeño efecto depurador de nitrógeno (7,6 TmN/año) y exporte poco fósforo (2,5 TmP/año). La subcuenca Guadalfeo 1 y la que recoge el agua de los ríos Trevélez y Poqueira, tienen un efecto importante en la carga total de nutrientes en el sistema, más relacionado con la extensión de su superficie, que les hace recibir mucha más carga puntual y sobre todo difusa.

Al relacionar las cargas de nutrientes exportadas o retenidas por cada subcuenca con su superficie, se obtiene que la subcuenca Ízbor 1, a pesar de su tamaño, es una de las que más aporta por unidad de superficie, junto con la subcuenca Guadalfeo 4. Las subcuencas de los cursos altos o aquellas con escasa presión humana son las que ejercen un menor efecto. Estos datos hay que tomarlos con precaución, ya que los aportes puntuales de nutrientes se realizan en los cauces o en zonas próximas a los mismos, no en toda la superficie de la cuenca. Normalizando con respecto a la superficie real de cada embalse, Béznar depura 40 TmN/año de nitrógeno total y 11 TmP/año de fósforo total, frente a 341 TmN/año y 58 TmP/año, respectivamente, en el embalse de Rules.

Ver mapa de áreas fuente y sumidero de la cuenca.
 
La principal entrada de nitrógeno a la cuenca se realiza por vía atmosférica, principalmente por deposición húmeda, frente al fosfato cuya fuente más importante es el vertido puntual de aguas residuales. A pesar de las diferencias tan notables que se han obtenido en las entradas de nitrógeno (hasta 14 veces más deposición atmosférica que aportes de aguas residuales en las subcuencas de los ríos Chico y Lanjarón), su efecto en la calidad del agua y en el transporte de este nutriente por los ríos, está condicionada a la naturaleza dispersa o puntual de su entrada. Todo lo contrario sucede con el fósforo, cuya entrada más importante (aguas residuales), puede llegar a ser 30 veces mayor que las entradas por vía atmosférica (subcueca Ízbor 3), produciendo una llegada mayor de este nutriente a los cursos fluviales.

En la mayoría de las ocasiones, las entradas de nutrientes desde la atmósfera, las aguas residuales y las subcuencas que drenan a éstas, son superiores a las salidas. Esto muestra que una buena parte de lo que les llega a cada una se queda, ya sea por reacciones químicas de secuestro de nutrientes en el suelo o por la incorporación a través de las plantas. Sólo en un par de subcuencas (Guadalfeo 2 y 4) para el nitrógeno  y en tres (Guadalfeo 2, 3 y Dúrcal) para el fósforo, se da la situación inversa.

Atendiendo a la relación que existe entre los porcentajes de entrada y salida de cada subcuenca, los datos ponen de manifiesto un amplio rango de variabilidad. Así, sin tener en cuenta las áreas que exportan más del 100%, para el nitrógeno, los resultados varían entre el 15% y el 19% en las subcuencas Chico y Lanjarón y más del 88% en Guadalfeo 3 e Ízbor 1. El fósforo lo hace con mínimos en las subcuencas afectadas por los embalses de Béznar y Rules y máximos superiores al 80% en Guadalfeo 4.