Precipitación atmosférica:
Existen dos vías posibles de entrada de nutrientes e iones desde la atmósfera: por precipitación húmeda (disuelta en el agua de lluvia y nieve) o por deposición seca (formando parte del polvo).
A diferencia del fósforo, que no tiene forma gaseosa y sólo está en las partículas de polvo y en los microorganismos existentes (e.g. Fuller, 1972), el nitrógeno inorgánico existe en la naturaleza en numerosas formas, con diferentes estados de oxidación.
La precipitación, es sin duda uno de los factores determinantes en las concentraciones de nitrato y amonio en el agua de los ríos. La importancia de la deposición atmosférica es tal, que puede ser la fuente principal de nitrógeno en zonas poco afectadas por la actividad antrópogénica (e.g. Valiela & Bowen, 2002). Es el nitrato la forma de nitrógeno inorgánico más abundante en el aporte atmosférico, procedente de la agricultura y en este caso en concreto, de la proximidad de la cuenca al mar.
Los resultados a partir de las precipitaciones medias anuales durante los años 2002 y 2003, muestran cómo para el nitrógeno esta fuente de entrada es mucho más importante que para el fósforo, siendo los valores uno o dos órdenes de magnitud menores (Ver tabla). Las áreas mayores como Ízbor 1 y Guadalfeo 1, reciben más de 100 TmN a^-1 de nitrógeno total y 2.5 TmP a^-1 de fósforo total. En toda la extensión de la cuenca, esta fuente puede aportar al año más de 740 TmN de nitrógeno total y 20 TmP de fósforo total.
Como se ha hecho referencia, el nitrógeno tiene varias formas gaseosas, lo cual se refleja en la importancia que tiene la deposición húmeda en la cuenca (55 % del total), frente al fósforo en el que la deposición húmeda aporta tan sólo un 28% del total.
 
Actividad agrícola:
En la cuenca abundan los pastizales y zonas forestales, ocupando la agricultura 337 km² (el 26% de la superficie total). De ésta, la mayoría de la existente en la zona alta de la cuenca es agricultura de secano, con pocos aportes de nitrógeno y fósforo. Son más de 20 los usos distintos existentes en la cuenca: cítricos, frutales, matorral, olivares, pastizales, viñedos, subtropicales, invernaderos, etc. Son éstos últimos (cultivos tropicales e invernaderos), los que tienen los mayores requerimientos de abono y, por tanto, poseen un riesgo potencial más alto de exportar nutrientes a los cursos fluviales. El resto de cultivos se han incluido dentro de un grupo de riesgo medio, estando las áreas no cultivadas dentro del grupo de riesgo bajo. Sólo hay cultivos con necesidades altas de nutrientes en la zona de la costa y en las proximidades de Dúrcal, sin embargo debido a su escaso uso (sólo el 3,6% de la superficie total), no le confiere demasiada importancia en el contexto global de la cuenca. En general, la cuenca se encuentra poco cultivada, debido fundamentalmente a su orografía abrupta y al clima extremo que existe en las zonas altas.

El papel que ejerce la agricultura como fuente difusa de nutrientes, a priori parece ser escaso en toda la cuenca, pudiendo tener mayor relevancia en la zona de la costa, áreas próximas a Dúrcal y de manera menos importante, en el sur de Lanjarón y en la sierra de la Contraviesa, próxima a Almegíjar