La principal fuente puntual de aportes de nutrientes a la cuenca del río Guadalfeo son las aguas residuales de los 69 núcleos de población que vierten al río y que albergan a un total de 64.000 habitantes. Para realizar este estudio se han localizado los puntos de vertido de los núcleos urbanos y se han analizado muestras tanto de las aguas vertidas por las depuradoras de aguas residuales urbanas como por los múltiples vertidos sin depurar.
 
Aunque la mayor parte de los núcleos de población que vierten sus aguas residuales a la cuenca cuentan con una población inferior a 200 habitantes, esto no significa que sus vertidos no tengan importancia. El vertido al año se estima en más de 3.200.000 m3, sin contar las aguas residuales de Salobreña, que se vierten al mar por un emisario submarino. La mayor parte de este aporte, se debe a los municipios de Padul, Dúrcal, Lanjarón y Órgiva, que entre los cuatro suman más de la mitad del volumen vertido. Atendiendo a la distribución por subcuencas, destacan los 1.251.333 m³/año que recibe la subcuenca bautizada como Ízbor 1, seguida de Guadalfeo 4 (338760 m³/año), Ízbor 3 (319941 m³/año) e Ízbor 2 (266067 m³/año), con vertidos muy superiores a los obtenidos en las subcuencas de cursos altos y en algunos tramos intermedios del río Guadalfeo.

Ver mapa de localización de subcuencas

Ver tabla de los datos de población media y volumen vertido por los diferentes núcleos urbanos en cada una de las subcuencas
 
Los vertidos de aguas residuales se producen en puntos muy localizados dentro de los cauces, teniendo un efecto mucho más directo y constante que los aportes difusos.
La directiva 91/271/CEE del Consejo de 21 de mayo de 1991, establece que los Estados miembros velarán por que las aguas residuales urbanas sean objeto, antes de ser vertidas, de un tratamiento secundario o de un proceso equivalente, en las siguientes circunstancias:

• A más tardar el 31 de diciembre del año 2000 para todos los vertidos que procedan de aglomeraciones que representen más de 15.000 h.e. (habitante equivalente).
• A más tardar el 31 de diciembre del año 2005 para todos los vertidos que procedan de aglomeraciones que representen entre 10.000 y 15.000 h.e.
• A más tardar el 31 de diciembre del año 2005 para los vertidos en aguas dulces o estuarios que procedan de aglomeraciones que representen entre 2.000 y 10.000 h.e.

A pesar de que la Comisión Europea ha remitido una primera carta de advertencia a España y otros 6 países más, por no haber instalado sistemas adecuados de tratamiento de los vertidos de aguas residuales de las ciudades de más de 15.000 habitantes dentro del plazo fijado, el tratamiento realizado en la cuenca del río Guadalfeo se adecua a la normativa. Así, existen cuatro depuradoras de aguas residuales en funcionamiento (Dúrcal, Padúl, Órgiva y Trevélez), estando ya finalizada la depuradora de Lecrín. Sólo dos términos importantes carecen de depuradoras, a pesar de tener una población relevante dentro del contexto de la cuenca: Vélez de Benaudalla y Lanjarón, debiendo estar listas para finales del año 2005. Lanjarón, con más de 3.900 habitantes censados, incrementa tres veces su población debido al turismo. A las plantas de depuración existentes en la cuenca, hay que sumar la planta de tratamiento no convencional del núcleo urbano de Torvizcón.

Los resultados de la investigación muestran cómo sólo en la subcuenca denominada Ízbor 1 se realiza casi la mitad de todo el vertido de nitrógeno y fósforo total a la cuenca, siendo mayor la importancia de todos los municipios sin depurar que el efecto que tienen los núcleos mayores que sí disponen de depuradora.

Ver tabla
 
Considerando por un lado el área de drenaje del embalse de Béznar y por otro el área de drenaje del embalse de Rules (habiéndole descontado el área de Béznar), se obtiene que en los 340 km² que drena el embalse de Béznar se recoge un 20% más de volumen vertido que en la cuenca de Rules (con 744 km²). Sin embargo, de todo el volumen que se vierte a Béznar, el 70% está depurado, mientras que en la cuenca vertiente a Rules sólo es el 27%. El resultado final es que en la cuenca de Rules se vierte el doble de nitrógeno y fósforo total que en la cuenca de Béznar (73,79 Tm N a^-1 y 72,91 Tm P a^-1, frente a 36,05 Tm N a^-1 y 29,48 Tm P a^-1). Este cálculo ayuda a comprender la importancia que pueden llegar a tener un gran número de pequeños núcleos urbanos repartidos por la cuenca.