La calidad de las aguas es buena en las cabeceras de los ríos de la cuenca, y se deteriora aguas abajo, a medida que recibe vertidos urbanos (Ver mapa de calidad de las aguas). El efecto del embalse de Béznar es importante en la comunidad de macroinvertebrados, al actuar como un tampón de la calidad biológica de las aguas. Así, se pasa de una Clase III (calidad dudosa) en el curso bajo del río Dúrcal a una Clase I (calidad buena) en la estación del río Ízbor. El embalse de Rules, por su parte, no ejerce este efecto regulador de la calidad del agua, con unos valores del índice peores tras el embalse de los que había en las estaciones anteriores. El hecho de que el embalse no esté a pleno funcionamiento en la actualidad, podría ser la causa de esta falta de depuración, al tener el agua y el resto de las sustancias un menor tiempo de residencia que el embalse de Béznar.