Los resultados obtenidos del estudio de medidas in situ y de los resultados de los análisis químicos realizados por el equipo de investigación del proyecto hasta la fecha, muestran en general aguas básicas con valores de pH  comprendidos entre 7,35 y 8,64, estando los máximos valores en las estaciones de los ríos Dúrcal y Torrente. Los aniones más abundantes son los carbonatos, seguidos de los sulfatos y de los cloruros, mientras que el catión mayoritario es el calcio, seguido del magnesio y el sodio. Esta es la relación dominante a nivel mundial (e.g. Wetzel, 1975), sin embargo, a pesar de la proximidad de esta cuenca con el mar, no hay dominancia de aguas cloruradas sódicas, similar a lo obtenido por otros autores en zonas costeras (e.g. Moreno et al., 1995; Avilés, 2002).

El fósforo se presenta como el nutriente limitante, con concentraciones de fósforo soluble reactivo generalmente inferiores a 10 µg l-1, frente a concentraciones de nitrato que superaron 1 mg l-1. Es interesante el caso de las estaciones de cabecera de los ríos Lanjarón y Poqueira , así como el río Chico, con concentraciones muy elevadas de oxígeno disuelto y dominancia de la forma de nitrógeno más reducida (amonio), mientras que en otras estaciones localizadas tras núcleos de población, la forma dominante es el nitrato, con valores no detectables de amonio. De los muestreos llevados a cabo por el equipo del proyecto hay datos que merece la pena destacar:

El embalse de Rules ejerce un gran efecto depurador en las cargas de nutrientes y sólidos en suspensión. La diferencia entre el agua que alcanza la presa de Rules y la que sale muestra tasas de depuración del 53% en la carga de nitrato, 91% en la carga de fósforo soluble reactivo y 33% en la carga de sólidos en suspensión.