En cuanto a la altitud media, ésta es claramente superior en la zona norte/noreste de la cuenca, en las cuencas que se desarrollan sobre las faldas sur de Sierra Nevada. Las mayores altitudes quedan representadas por la cuenca de los río Poqueira, Trevélez, Cádiar, Chico y Lanjarón y Dúrcal, con alturas medias superiores a los 1.700 m.s.n.m. en todos los casos, y llegando a los 2.163 m.s.n.m., para el caso de la cuenca del río Poqueira.